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La secuenciación de próxima generación en la epidemiología molecular

Introducción:

La utilización de herramientas de epidemiología molecular ha permitido una mayor comprensión de la dinámica de transmisión de enfermedades infecciosas y también ha mejorado la capacidad para identificar medidas de control efectivas. La secuenciación de próxima generación (SPN) es una técnica de análisis de alta resolución que ha permitido avances significativos en la epidemiología molecular. La SPN permite la obtención de secuencias de genoma completo en un plazo muy corto y a costos cada vez más accesibles.

Principales aplicaciones de la SPN en la epidemiología molecular:

Identificación de la fuente de infección:

La SPN permite la identificación precisa de la fuente de infección en casos de enfermedades transmitidas por alimentos o de brotes hospitalarios. Al comparar las secuencias de las muestras obtenidas de los pacientes o de los productos contaminados, con las secuencias de los patógenos encontrados en fuentes conocidas, es posible encontrar relaciones de parentesco que permitan identificar la fuente de la infección.

Estudio de la dinámica de transmisión:

La SPN puede utilizarse para estudiar la dinámica de transmisión de enfermedades contagiosas y para identificar cadenas de transmisión y el papel que juegan los diferentes grupos de edad o las diferentes regiones geográficas en la propagación de la enfermedad. Además, la SPN permite la identificación de mutaciones que ocurren en el patógeno durante la transmisión, lo que puede ser valioso para entender la evolución de la enfermedad y para identificar posibles cambios en la virulencia.

Lucha contra brotes de enfermedades infecciosas:

La SPN es una herramienta valiosa en la lucha contra los brotes, ya que permite una identificación más rápida y precisa de la causa del brote y ayuda en la toma de decisiones sobre medidas de control eficaces. Además, la SPN permite la comparación de las secuencias de los patógenos obtenidos de diferentes pacientes para identificar la relación entre ellos y, por lo tanto, para identificar la cadena de transmisión y los puntos críticos de intervención.

Estudio de la resistencia antimicrobiana:

La SPN también se utiliza para el estudio de la resistencia antimicrobiana de los patógenos, lo que puede ser útil para el desarrollo de mejores estrategias de tratamiento y prevención. Al identificar las mutaciones que confieren resistencia antimicrobiana, la SPN permite un seguimiento más eficaz de la propagación de estas mutaciones y su asociación con los diferentes tipos de enfermedades.

Ventajas de la SPN en la epidemiología molecular:

Mayor resolución temporal y espacial:

La SPN permite obtener una mayor resolución temporal y espacial en la epidemiología molecular de las enfermedades infecciosas. Al permitir la identificación de mutaciones que ocurren durante la transmisión, la SPN permite un seguimiento más preciso de la dinámica de transmisión de las enfermedades. Además, la SPN permite la identificación de pequeñas diferencias en las secuencias genéticas que pueden ser indicativas de la propagación de los patógenos en diferentes regiones geográficas o en diferentes poblaciones.

Mayor eficacia en la identificación de las causas de los brotes:

La SPN es una herramienta muy eficaz en la identificación de las causas de los brotes, lo que permite una intervención más rápida y específica. Al permitir la comparación de las secuencias obtenidas de diferentes pacientes, la SPN permite la identificación precisa de la cadena de transmisión y de los puntos críticos de intervención.

Mayor capacidad para el control de la propagación de la resistencia antimicrobiana:

La SPN permite el seguimiento más preciso de la propagación de las mutaciones que confieren resistencia antimicrobiana, lo que es esencial para el desarrollo de estrategias efectivas de tratamiento y prevención.

Desafíos de la SPN en la epidemiología molecular:

Costo y complejidad:

Aunque los costos de la SPN han disminuido, todavía es un método relativamente costoso y puede ser complejo de implementar en entornos con recursos limitados.

Muestreo adecuado:

La SPN también requiere una muestra adecuada, lo que puede ser un desafío en entornos donde el acceso a las muestras es limitado.

Manejo de grandes cantidades de datos:

La SPN produce grandes cantidades de datos que pueden ser difíciles de manejar y analizar. Se requiere una capacidad adecuada de análisis y almacenamiento de datos para aprovechar al máximo la información que proporciona la SPN.

Conclusiones:

La SPN es una técnica de análisis de alta resolución que ha sido ampliamente utilizada en la epidemiología molecular de enfermedades infecciosas. La SPN ha permitido avances significativos en la identificación de la fuente de infección, el estudio de la dinámica de transmisión, la lucha contra los brotes y el estudio de la resistencia antimicrobiana. Aunque los costos de la SPN han disminuido, todavía existen desafíos en relación con los costos, el adecuado muestreo y el manejo de grandes cantidades de datos. En resumen, la SPN es una herramienta valiosa en la epidemiología molecular de las enfermedades infecciosas y se espera que su uso siga creciendo en el futuro.